สำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัดนครพนม จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ 2555 ตามโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการภายในของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน ที่กำหนดให้มีสำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัดในทุกจังหวัด โดยที่ผ่านมาได้รับความอนุเคราะห์จากจังหวัดนครพนม ได้ให้ใช้พื้นที่อาคารศาลากลางจังหวัดนครพนม เป็นสถานที่ปฏิบัติราชการ
ต่อมาสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินได้รับอนุมัติงบประมาณ เพื่อก่อสร้างอาคารที่ทำการพร้อมบ้านพักและสิ่งก่อสร้างประกอบ ของสำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัดนครพนม บนบริเวณที่ราชพัสดุ พื้นที่จำนวน 10 ไร่ หมู่ที่ 5 ตำบลหนองญาติ อำเภอเมืองนครพนม จังหวัดนครพนม วงเงินตามสัญญาจ้าง 73,600,000.- บาท (เจ็ดสิบสามล้านหกแสนบาทถ้วน) โดยเริ่มดำเนินการก่อสร้างตั้งแต่วันที่ 16 กันยายน 2562 และก่อสร้างแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 20 มกราคม 2566สำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัดนครพนม เป็นสำนักงานในเขตพื้นที่รับผิดชอบของ
สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินภูมิภาคที่ ๕ (จังหวัดอุบลราชธานี)